No início dos anos 2000, Bernardo Paz começa a migrar sua coleção para a arte contemporânea. Nos jardins da fazenda, em Inhotim, são instalados os primeiros trabalhos. Em 2004, o então CACI passa a receber grupos em visitas agendadas.

Em 2006, o Inhotim Centro de Arte Contemporânea é oficialmente aberto ao público. Em 2007, é criada a Diretoria de Inclusão e Cidadania. Em 2008, novas galerias, obras e programas da Educação ampliam o museu.

A abertura Nove Novos Destinos amplia a visitação e articula os acervos artístico e botânico. O Inhotim inaugura obras de Chris Burden, Doug Aitken, Jorge Macchi, Matthew Barney e Yayoi Kusama, além da Galeria Rivane Neuenschwander.

O Inhotim vive um novo ciclo de expansão, com grandes projetos artísticos e a consolidação das áreas de Natureza e Educação. Em 2010, recebe a certificação internacional de Jardim Botânico e, até 2014, cria novos jardins temáticos.

Em 2015, é construída a Galeria Claudia Andujar, dedicada à sua produção junto aos Yanomami. Em 2019, a obra de Robert Irwin amplia a área de visitação. Após o rompimento da barragem, nasce o programa Nosso Inhotim.

A pandemia de Covid-19 interrompe as atividades presenciais por quase oito meses e exige a reorganização institucional. Em 2021, são retomados comissionamentos e iniciado o programa Abdias Nascimento e o Museu de Arte Negra.

Em 2022, começa o processo que culmina na maior doação privada da história dos museus brasileiros: 144 hectares e mais de 300 obras são transferidos definitivamente ao Instituto. A nova governança fortalece sua vocação pública.

Em 2023, após oito anos de trabalho, a Galeria Yayoi Kusama é inaugurada. A partir de 2024, o foco passa a ser a criação em parceria com artistas e a ocupação de longa duração dos espaços existentes e ações de Educação e Território.

A nova governança amplia projetos e parcerias com Brumadinho. A diretoria de Natureza também fortalece sua atuação na conservação e pesquisa dos biomas locais e de espécies raras, endêmicas e ameaçadas.